يعتبر برنامج حماية البيئة الفلسطينية من اهم ركائز وبرامج الجمعية حيث يهدف إلى حماية البيئة والاحتفاظ بجماليتها ونقائها وتوعية المواطنين بالحفاظ على البيئة، ونشر هذا التقدير والاحترام ما أمكن بين جماهيرنا والفئات المستهدفة وموظفينا في الجمعية. كما يسعي البرنامج إلى تقليل الأثر البيئي السيء في جميع عمليات الجمعية وبرامجها إلى أقصى درجة ممكنة والعمل دوماً لجعلها صديقة للبيئة، بما يشمل حماية التنوع الحيوي والنظم البيئية وتقليل انبعاثات العوادم والنفايات إلى أقصى درجة ممكنة، كما يعمل البرنامج على زيادة وتطوير الوعي البيئي والتنموي لدى الفئات المستهدفة كافة في المجتمع الفلسطيني عبر استخدام العالم المقروء والمسموع والمرئي، وعبر إصدار سلسلة من النشرات والملاحق والومضات المختصة بالتنمية البيئية. كما يسهم البرنامج في تطوير سياسات تنموية وتشجيع صناع القرار على اتخاذ القرارات التي من شأنها حماية وتطوير البيئة بوجه خاص، كما يحصر البرنامج عن المدافعة عن حقوق النشطاء والفاعلين في مجال البيئة ومناصرة قضاياهم ورفعها لمستوي أعلى للمساهمة في وضع الحلول للمشكلات البيئة وتبني مبادراتهم التنموية وتحقيق تطلعاتهم المنسجمة مع الأولويات الوطنية وتحقق أهداف التنمية المستدامة.